Çok nadiren bile olsa ameliyat gerektirecek kabızlıklar olabilir. Bunlardan bir tanesi bağırsakların çalışmasını sağlayan sinir gelişimi eksikliğine dayanan Hirshprung hastalığıdır. Diğer ameliyat gerektirecek durum ise bel bölgesindeki sinir gelişimi ile ilgili kusurlu, anomalli doğan çocuklarda oluşan inatçı kabızlıklardır.
